Es el investigador principal del laboratorio de investigación de diseño de fármacos, con su primer tesista de pregrado egresado en 2012 y de postgrado en 2015. Las metodologías utilizadas incluyen técnicas de biología molecular y bioinformáticas. Las áreas de investigación son:
• Comprensión de la estructura-función en proteínas transportadoras.
• Diseño de herramientas bioinformáticas para acelerar el desarrollo de biofármacos y anticuerpos.

EN PROGRESO:
• 2021-2022. Director. Proyecto ANID-Nodo 0006. Nodo de Ciencia Abierta: Co-creación de un modelo de Ciencia Abierta para fortalecer el desarrollo de la ciencia y tecnología en la Macrozona Centro Sur de Chile en concordancia con su territorio y sociedad.
• 2021-2022. Director. Proyecto CORFO-21CV-171509. Índice probiogenómico: plataforma para acelerar el desarrollo de probióticos con actividad antiviral.
• 2021-2022. Director Alterno. Proyecto UdeC-VRID. Caracterización clínica y genética de pacientes con distrofia miotónica para evaluar la relación genotipo-fenotipo y desarrollar un modelo de estratificación de los pacientes.
• 2019-2021. Co-investigador. Conicyt-FONDEF-ID18I10261. Desarrollo de un test de flujo lateral portátil para la detección directa de hantavirus.
• 2020-2024. Co-investigador. Proyecto ANID-Fondecyt 1200049. MOLECULAR PROFILING OF BREAST CANCER: Sequence variation in new hereditary breast cancer, driver and miRNAs genes as biomarkers of predisposition, therapeutics and its role in cell transformation.

EJECUTADO:

• 2018-2019. Director. CORFO-17IPPBIO-76192. Desarrollo de un fármaco inhibidor del canal UreI como complemento a la terapia de erradicación.
• 2016-2018. Director. CORFO-16PIDE-67739. Algorithm based on deep learning of biomedical data relationships to identify abnormalities and complex correlation models.
• 2016-2018. Director. CORFO-15NODE-44574-2. Asociación y Vinculación de Empresas del Sector Servicios Asociados a Computación con Empresas TIC Para Fomentar las Exportaciones utilizando e-Services.
• 2016-2018. Director. Conicyt-FONDEQUIP EQM150134. The southern GPU-Cluster: Plataforma basada en computación gráfica de alto desempeño para la asociatividad y aceleración de investigaciones en ciencias de la vida
• 2013-2014. Director. Proyecto VIU 12008. PharmScan Transporter: Plataforma para la realización y análisis de docking molecular masivo aplicado a proteínas transportadoras. Departamento de Farmacología, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción.
• 2011-2015. Investigador Área de Diseño Molecular. Proyecto FONDEF D09I1262 “Innovar en la tecnología de proceso para la producción de proteínas recombinantes complejas en la leche de mamíferos no transgénicos, producción de eritropoyetina humana recombinante para su uso como biofármaco. Departamento de Fisiopatología, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción.
• 2011-2015. Investigador Área Combinatoria. Proyecto FONDEF D10I1282. «Innovar una plataforma biotecnológica de alto flujo para la generación de nuevas moléculas similares a anticuerpos, a partir de vectores fagémidos. Producción de moléculas anti-VEGF para su empleo como biofármacos de uso terapéutico». Departamento de Farmacología, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción.
• 2012-2015. Investigador Área Diseño de Fármacos. Proyecto FONDEF D11I1131. “Identificación, desarrollo y validación de nuevas moléculas inhibidoras de los transportadores de glucosa para su aplicación en el control de la hiperglicemia característica de la diabetes mellitus, obesidad y síndrome metabólico”.
• 2013-2014. Co-investigador. VRID. 213.112.106-1AP. Determinación de la dieta de salmónidos introducidos mediante secuenciación masiva de ADN: un estudio base para evaluar el impacto sobre la fauna nativa de fiordos Patagónicos.
• 2013-2014. Co-investigador. VRID. 213.113.086-1.0. Asentamiento de semillas de mitilidos mediante inductores moleculares.
• 2009-2011. Profesional Área Bioinformática. Centro de Biotecnología. Universidad de Concepción. “Desarrollo de aplicaciones informáticos para anotación masiva de genes diferencialmente expresados”.
• 2008-2011. Investigador Área Diseño Molecular Masivo. Proyecto FONDEF D07I1117. «Innovar en las estrategias terapéuticas para el tratamiento de la diabetes a través de un curso de acción complementario a la insulina. Desarrollo de moléculas activadoras con especificidad para sitios regulatorios de los transportadores de glucosa». Departamento de Fisiopatología, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción.
• 2009-2010. Investigador Principal. Proyecto INNOVA- BIOBIO. “Innovación en el proceso productivo de la cepa Sauvignon Blanc a través de la caracterización y análisis metabólicos de las metoxipirazinas responsables de los aromas”. Investigaciones Bioquímicas, Concepción.
• 2009. Director alterno. Proyecto Explora-Conicyt ED13/020. “Acción de pequeñas moléculas en salud y enfermedad, un viaje al interior de la célula en 80 milisegundos”. Departamento de Fisiopatología, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción.
• 2007-2008. Asesor Científico. Proyectos de Innovación en Biotecnología: “Extracción de Aceites desde Algas” y “Mejoramiento de Productos Pesquera Camanchaca”. Bioingemar Ltda. Concepción, Chile.
• 2006-2009. Asesor Científico. Proyectos Medioambientales: “Dispersión de fluidos y toxicidades”. DSS Ambiente, Concepción, Chile.
• 2003-2005. Research Assistant. Ophthalmology Department, Columbia University, New York, NY. USA. Investigador principal: Dr. Jorge Fischbarg, Ph.D.

PUBLICACIONES CIENTÍFICAS

1. Palma, Carlos, Jessica Jellins, Andrew Lai, Alexis Salas, America Campos, Shayna Sharma, Gregory Duncombe, Jon Hyett, and Carlos Salomon. 2021. “Extracellular Vesicles and Preeclampsia: Current Knowledge and Future Research Directions.” In New Frontiers: Extracellular Vesicles, edited by Suresh Mathivanan, Pamali Fonseka, Christina Nedeva, and Ishara Atukorala, 455–82. Subcellular Biochemistry. Cham: Springer International Publishing. https://doi.org/10.1007/978-3-030-67171-6_18.
2. Salinas, T.P., J.L. Garrido, J.R. Salazar, P. Gonzalez, N. Zambrano, F. Fuentes-Villalobos, F. Bravo, V. Fica-Leon, A. Salas-Burgos, M. Calvo, R. Alvarez, B. Armien, and M.I. Barria. 2021. Cytokine Profiles and Antibody Response Associated to Choclo Orthohantavirus Infection. Front. Immunol. 12.
3. Oyarzun, P., M. Kashyap, V. Fica, A. Salas-Burgos, F.F. Gonzalez-Galarza, A. McCabe, A.R. Jones, D. Middleton, and B. Kobe. 2021. A Proteome-Wide Immunoinformatics Tool to Accelerate T-Cell Epitope Discovery and Vaccine Design in the Context of Emerging Infectious Diseases: An Ethnicity-Oriented Approach. Front Immunol. 12:598778.
4. León, Y., L. Zapata, A. Salas-Burgos, and A. Oñate. 2020. In silico design of a vaccine candidate based on autotransporters and HSP against the causal agent of shigellosis, Shigella flexneri. Mol. Immunol. 121:47–58.
5. Alharbi, M., S. Sharma, D. Guanzon, A. Lai, F. Zuñiga, M.J.A. Shiddiky, Y. Yamauchi, A. Salas-Burgos, Y. He, T. Pejovic, C. Winters, T. Morgan, L. Perrin, J.D. Hooper, and C. Salomon. 2020. miRNA signature in small extracellular vesicles and their association with platinum resistance and Cancer recurrence in ovarian Cancer. Nanomedicine. 102207.
6. Solís, M., A. Salas, C. Lagos, S. Valenzuela, V. Emhart, and M. Férnandez. 2019. De Novo Transcriptome Assembly of Eucalyptus nitens and the Expression of R2R3-MYB Genes in Response to Cold Acclimation in Eucalyptus Spp. Plant Mol Biol Rep.
7. Quilodran-Vega, S.R., L. Albarracin, E.M. Hebert, L. Saavedra, A. Fonseca, A. Salas-Burgos, H. Kitazawa, and J. Villena. 2018. Draft Genome Sequence of Probiotic Lactobacillus brevis TUCO-5E, Isolated from Porcine Milk. Microbiol Resour Announc. 7.
8. Kanmani, P., L. Albarracin, H. Kobayashi, E.M. Hebert, L. Saavedra, R. Komatsu, B. Gatica, A. Miyazaki, W. Ikeda-Ohtsubo, Y. Suda, H. Aso, S. Egusa, T. Mishima, A. Salas-Burgos, H. Takahashi, J. Villena, and H. Kitazawa. 2018. Genomic Characterization of Lactobacillus delbrueckii TUA4408L and Evaluation of the Antiviral Activities of its Extracellular Polysaccharides in Porcine Intestinal Epithelial Cells. Front Immunol. 9.
9. Garrido, J.L., J. Prescott, M. Calvo, F. Bravo, R. Alvarez, A. Salas, R. Riquelme, M.L. Rioseco, B.N. Williamson, E. Haddock, H. Feldmann, and M.I. Barria. 2018. Two recombinant human monoclonal antibodies that protect against lethal Andes hantavirus infection in vivo. Sci Transl Med. 10.
10. Fonseca, A., T. Ishoey, C. Espinoza, D. Pérez-Pantoja, A. Manghisi, M. Morabito, A. Salas-Burgos, and V.A. Gallardo. 2017. Genomic features of “Candidatus Venteria ishoeyi”, a new sulfur-oxidizing macrobacterium from the Humboldt Sulfuretum off Chile. PLoS One. 12.
11. Salgado, E.R., R. Montesino, S.P. Jiménez, M. González, F. Hugues, O.I. Cabezas, R. Maura-Perez, P. Saavedra, E. Lamazares, A. Salas-Burgos, J.C. Vera, O. Sánchez, and J.R. Toledo. 2015. Post-translational modification of a chimeric EPO-Fc hormone is more important than its molecular size in defining its in vivo hematopoietic activity. Biochim. Biophys. Acta. 1850:1685–1693.
12. Cáceres-Delpiano, J., J. Teneb, R. Mansilla, A. García, and A. Salas-Burgos. 2015. Variations in periplasmic loop interactions determine the pH-dependent activity of the hexameric urea transporter UreI from Helicobacter pylori: a molecular dynamics study. BMC Struct Biol. 15.
13. Elissetche, J.P., A. Salas-Burgos, R. Garcia, C. Iturra, R. Teixeira, J. Rodriguez, and S. Valenzuela. 2011. Generation and analysis of expressed sequence tags (ESTs) from cambium tissue cDNA libraries of contrasting genotypes of Eucalyptus globulus Labill. BMC Proc. 5:P108.
14. Ormazabal, V., F.A. Zuñiga, E. Escobar, C. Aylwin, A. Salas-Burgos, A. Godoy, A.M. Reyes, J.C. Vera, and C.I. Rivas. 2010. Histidine Residues in the Na+-coupled Ascorbic Acid Transporter-2 (SVCT2) Are Central Regulators of SVCT2 Function, Modulating pH Sensitivity, Transporter Kinetics, Na+ Cooperativity, Conformational Stability, and Subcellular Localization. J Biol Chem. 285:36471–36485.
15. Rivas, C.I., F.A. Zúñiga, A. Salas-Burgos, L. Mardones, V. Ormazabal, and J.C. Vera. 2008. Vitamin C transporters. J. Physiol. Biochem. 64:357–375.
16. Zhang, X., Z. Yuan, Y. Zhang, S. Yong, A. Salas-Burgos, J. Koomen, N. Olashaw, J.T. Parsons, X.-J. Yang, S.R. Dent, T.-P. Yao, W.S. Lane, and E. Seto. 2007. HDAC6 Modulates Cell Motility by Altering the Acetylation Level of Cortactin. Mol Cell. 27:197–213.
17. Manolescu, A., A.M. Salas-Burgos, J. Fischbarg, and C.I. Cheeseman. 2005. Identification of a hydrophobic residue as a key determinant of fructose transport by the facilitative hexose transporter SLC2A7 (GLUT7). J. Biol. Chem. 280:42978–42983.
18. Klepper, J., A. Salas-Burgos, E. Gertsen, and J. Fischbarg. 2005. Bench meets bedside: a 10-year-old girl and amino acid residue glycine 75 of the facilitative glucose transporter GLUT1. Biochemistry. 44:12621–12626.
19. Salas-Burgos, A., P. Iserovich, F. Zuniga, J.C. Vera, and J. Fischbarg. 2004. Predicting the Three-Dimensional Structure of the Human Facilitative Glucose Transporter Glut1 by a Novel Evolutionary Homology Strategy: Insights on the Molecular Mechanism of Substrate Migration, and Binding Sites for Glucose and Inhibitory Molecules. Biophys J. 87:2990–2999.
20. Salas-Burgos, A., J. Martínez-Oyanedel, and M. Bunster. 2003. Conformational changes induced by cloxacillin in class a beta-lactamase from Bacillus cereus. Cell. Mol. Biol. (Noisy-le-grand). 49:985–990.

PUBLICACIONES EN DOCENCIA

1. Zúñiga Arbalti, Felipe Andrés, Sergio Castillo Suazo, Claudio Aguayo Tapia, Oliberto Sánchez Ramos, Alexis Salas Burgos, Lilian Hernández Montes, and Valeska Alejandra Ormazábal Valladares. 2017. “Utilización de Aprendizaje Basado En Equipos, Como Metodología Activa de Enseñanza de Farmacología Para Estudiantes de Enfermería.” Educación Médica Superior 31 (1): 78–88.

PATENTES

1. Sánchez Ramos, Oliberto, Frank Camacho, Jorge R. Toledo, Lionel Zapata, and Alexis Salas-Burgos. 2014. Moléculas polipeptídicas contra el factor de crecimiento del endotelio vascular (VEGF). CL2014-02941, filed March 2014, and issued May 2014.
2. Sánchez Ramos, Oliberto, Jorge Toledo Alonso, Iván González, Alexis Salas Burgos, and Frank Camacho. 2014. Método para la producción de proteínas recombinantes en glándula mamaria de mamíferos no trangénicos. PCT SP CL2014-02410., issued August 2014.
3. Zúñiga Arbalti, Felipe, Valeska Alejandra Ormazábal Valladares, Claudio Aguayo Tapia, and Alexis Salas-Burgos. 2017. Una secuencia polinucleotídica sintética que codifica para una proteína que interfiere de forma especifica para la adquisición de vitamina C o ácido ascórbico en las células. 2016–03407, filed December 30, 2016, and issued February 4, 2017.

CAPÍTULOS LIBROS

1. Becerra V., Viviana, Mario Paredes C., Alexis Salas B., and Gabriel Donoso Ñ. 2021. “Capítulo 3. Diversidad y Estructura Genética Del Germoplasma de Arroz (Oryza Sativa L.) En Chile.” In 100 Años Del Cultivo Del Arroz En Chile, Instituto de Investigaciones Agropecuarias. Chillán. Chile.
2. Palma, Carlos, Jessica Jellins, Andrew Lai, Alexis Salas, America Campos, Shayna Sharma, Gregory Duncombe, Jon Hyett, and Carlos Salomon. 2021. “Extracellular Vesicles and Preeclampsia: Current Knowledge and Future Research Directions.” In New Frontiers: Extracellular Vesicles, edited by Suresh Mathivanan, Pamali Fonseka, Christina Nedeva, and Ishara Atukorala, 455–82. Subcellular Biochemistry. Cham: Springer International Publishing. https://doi.org/10.1007/978-3-030-67171-6_18.

El laboratorio de diseño de fármacos está ubicado en el Departamento de Farmacología de la Universidad de Concepción, está dirigido por el Dr. Alexis Salas Burgos. En nuestro laboratorio investigamos el desarrollo de nuevos fármacos utilizando herramientas de la biología computacional, bioinformática, biología molecular y celular. En nuestro laboratorio los proyectos de desarrollo interdisciplinario se realizan en equipos entre estudiantes del área química, bioquímica, bioingeniería, biología e informática.

Misión. Investigar la relación estructura-funciones y mecanismos moleculares de proteínas transportadoras y moléculas similares a anticuerpos para su uso en el desarrollo de nuevas terapias farmacológicas y aplicaciones biotecnológicas.

Visión. Ser un laboratorio de referencia en el diseño de fármacos para proteínas portadoras y el diseño molecular de portadores y anticuerpos sintéticos con aplicaciones terapéuticas y biotecnológicas.

Es el investigador principal del laboratorio de investigación de diseño de fármacos, con su primer tesista de pregrado egresado en 2012 y de postgrado en 2015. Las metodologías utilizadas incluyen técnicas de biología molecular y bioinformáticas. Las áreas de investigación son:

• Relación estructura-función de proteínas transportadoras aplicada al diseño de fármacos.
• Reconocimiento molecular de proteínas tipo anticuerpos aplicada al diseño de biofármacos..

Más información en el sitio web del laboratorio, https://www.nanocell.cl

Extensión. Alexis ha dirigido proyectos de extensión vinculados a la promoción de la programación computacional en la comunidad y de la colaboración en el uso de datos para tomar decisiones en el área de la Salud, ha sido presidente de la asociación de empresas que desarrollan tecnologías del Biobío y actualmente es director del proyecto Nodo Macrozona Centro Sur para la vinculación de la Ciencia con el Territorio: Misión Ciencia.
Más información en:
• Nodo CTCI Zona Centro Sur https://nodocs.ctci.cl
• 1024 Programadores desde el BioBío https://www.1024programadores.cl
• Vida Nanocell https://vida.nanocell.cl

• Premio Municipalidad de Concepción. Incorporación de tecnologías disruptivas de computación de alto rendimiento.
• Concurso Early Stage Investment Forum ESIF 2013.
• Mención Honrosa FONDEF-VIU. Empresa DuPont.
• Beca de Finalización Tesis Doctoral. Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT).
• 2006–2009. Beca para estudios de Doctorado. Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT).
• Beca de Apoyo a la Realización de Tesis Doctoral. Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT).
• Beca para estudios de Doctorado. Beca Escuelas de Graduados Universidad de Concepción.

1. Oppliger Muñoz, Martina, and Alexis Salas-Burgos. 2021. Identificación y Caracterización de Grupos Funcionales En La Familia de Transportadores de Azúcares. Universidad de Concepción.
2. Gática, B., and A. Salas-Burgos. 2021. Sistema automatizado de anotación de genes asociados a características probióticas desde secuenciación de nueva generación. Universidad de Concepción.
3. Fica-León, V., and A. Salas-Burgos. 2021. Desarrollo de un método basado en aprendizaje automático para la predicción del cambio de afinidad por mutaciones puntuales en complejos antígeno-anticuerpo. Universidad de Concepción.
4. Lema, J.M., F. Zúñiga Arbalti, and A. Salas-Burgos. 2020. Reconocimiento de inhibidores del co-transportador sodio:glucosa 2 humano mediante métodos de docking molecular y análisis quimiométrico. Universidad de Concepción.
5. Lincoñir Campos, P., A. Salas-Burgos, and A. García Cancino. 2019. Asociación de genes nudA y htrA de Helicobacter pylori con severidad de patologías gástricas. Estudio bioinformático de la proteína NudA. Universidad de Concepción.
6. Solís García, M., and A. Salas-Burgos. 2019. Factores de transcripción MYB-R2R3 en el transcriptoma en respuesta a baja temperatura de Eucalyptus nitens Maiden. Universidad de Concepción.
7. Rivas Váldes, F., S. Gutiérrez Gallegos, A. Salas-Burgos and E. Quevedo. 2019. Efecto de Nicotinamida sobre la diferenciación de células C2C12 a osteoblastos. Universidad de Concepción.
8. Conejera Albornoz, D., and A. Salas-Burgos. 2019. Identificación de proteínas transportadoras expresadas diferencialmente en condiciones abióticas en ensamble de eucalyptus globulus. Universidad de Concepción.
9. Ulloa Jiménez, I., and A. Salas-Burgos. 2018. Modelado Molecular del Transportador humano de Aminoácidos Catiónicos de Tipo 1 (hCAT-1) para la búsqueda del canal central y cavidades de la proteína. Universidad de Concepción.
10. Fica León, V., and A. Salas-Burgos. 2018. Application of automatic learning methods in the grouping and classification of variable fragments of human antibodies from structural properties. Universidad de Concepción.
11. Gática Rocha, B., and A. Salas-Burgos. 2017. Automatización de construcción y análisis de modelos tridimensionales de proteínas de membrana desde un ensamble genómico. Universidad de Concepción.
12. Fonseca Poza, A., and A. Salas-Burgos. 2016. Identificación de genes implicados en la biosíntesis de antibióticos en dos genomas bacterianos de sedimentos anóxicos. Universidad de Concepción.
13. Teneb Lobos, J., O. Sánchez Ramos, and A. Salas-Burgos. 2016. Diseño de un Ligando Peptídico con Afinidad por la Hormona Folículo Estimulante Humana. Universidad de Concepción.
14. Cañete Romero, E., and A. Salas-Burgos. 2013. Database Mining for Automatic Identification of mutants and their effects on transport proteins. Universidad del BioBío.
15. Gutiérrez Medina, F., and A. Salas-Burgos. 2013. Development and Implementation Support Tools Molecular Docking Analysis. Universidad del BioBío.
16. Cáceres Delpiano, J., and A. Salas-Burgos. 2013. Identification of small molecules with therapeutic activity against Helicobacter pylori. Universidad de Concepción.
17. Varas Concha, I., and A. Salas-Burgos. 2012. Development of three-dimensional models for the hexose transporter of Plasmodium falciparum: Analysis allosteric sites and identification of new specific inhibitors. Universidad de Talca.